Não é possível transmitir duas ou mais ECF caso ocorra mudança de contador no período ou mudança de plano de contas no período. A ECF deve ser transmitida em arquivo único, a menos que ocorra alguma das situações especiais previstas no registro 0000.

Caso a entidade tenha que recuperar os dados da ECD, devem ser recuperados os dois arquivos da ECD transmitidos (um para cada contador ou um para cada plano de contas). Contudo, para que a ECF recupere os dados corretamente é necessário que os saldos finais das contas que aparecem no primeiro arquivo (primeiro contador ou primeiro plano de contas) sejam iguais aos saldos iniciais dessas mesmas contas que aparecem no segundo arquivo (segundo contador ou segundo plano de contas).

Isso pode ser feito, na ECD, por meio do preenchimento do registro I157 (transferência de plano de contas) no segundo arquivo da ECD, conforme instruções do Manual de Orientação do Leiaute da ECD. Se isso não ocorrer, a ECF recuperará somente os dados do segundo arquivo e os ajustes necessários deverão ser realizados na própria ECF ou na ECD, por meio de substituição.

Fonte: Blog Guia Tributário